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2017-10-27至2017-10-28 上海
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赵方庆 教授

中科院北京生命科学研究院

赵方庆 教授

中科院北京生命科学研究院

2001年获青岛海洋大学海洋生物学、计算机技术及其应用专业学士学位。2006年获中国科学院海洋研究所博士学位,研究方向为海洋微藻的进化基因组学。在此期间获得了中国科学院院长特别奖(2006),中国科学院优秀博士论文(2007),国家海洋科学技术奖一等奖(2012)。2006年月至2010年底在美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学研究中心,从事计算生物学和基因组学的研究工作。2011年被中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员,研究方向为计算基因组学。现为中科院北京生命科学研究院科研部副主任、技术服务部主任、计算生物学联合研究中心秘书长。在国内外学术组织中,被聘为国际知名刊物Briefings in Bioinformatics和Hereditas等期刊的编委。先后主持国家自然科学基金5项、国家重点研发计划课题1项、中科院知识创新工程资助课题1项和中科院院长特别奖基金1项等。近年来,围绕着高通量组学数据的计算方法学科研方向,建立了一系列原创性的生物信息学算法和工具,并在环形非编码RNA和微生物组领域取得重要进展。近5年来,在Nature Communications、Genome Biology、Current Biology和Nucleic Acids Res等国际学术刊物上发表通讯作者研究论文20余篇。

代表论著:
  1. Zhang Y, Ji P, Wang J & Zhao F*. RiboFR-Seq: a novel approach to linking 16S rRNA amplicon profiles to metagenomes. Nucleic Acids Res. 2016, doi: 10.1093/nar/gkw165.

  2.  Gao Y, Wang J & Zhao F*. CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification. Genome Biology. 2015, 16:4

  3. Zhao H & Zhao F*. BreakSeek: a breakpoint-based algorithm for full spectral range INDEL detection. Nucleic Acids Res. 2015, 43 (14):6701-6703.

  4. Ye N^*, Zhang X^, Miao M^, Fan X^, Zheng Y, Xu D, Wang J, Zhou L, Wang D, Gao Y, Wang Y, Shi W, Ji P, Li D, Guan Z, Shao C, Zhuang Z, Gao Z, Qi J* & Zhao F*. Saccharina genomes provide novel insight into kelp biology. Nature Communications. 2015, 6: 6986.

  5. Wang J, Gao Y & Zhao F*. Phage-bacteria interaction network in human oral microbiome.  Environmental Microbiology. 2015 DOI: 10.1111/1462-2920.12923

  6. Wang J, Qi J, Zhao H, He S, Zhang Y, Wei S* and Zhao F*. Metagenomic sequencing reveals microbiota and its functional potentials associated with periodontal disease. Sci. Rep. 2013, 3, 1843.

  7. Liu J, Wang H, Yang H, Zhang Y, Wang J, Zhao F* and Qi J*. Composition based classification of short metagenomic sequences elucidates landscapes of taxonomic and functional enrichment. Nucleic Acids Res 2013, 41(1):e3.

  8. Shen X, Tian M, Meng X, Liu H, Cheng H, Zhu C, Zhao F*. Complete mitochondrial genome of Membranipora grandicella (Bryozoa: Cheilostomatida) determined with next-generation sequencing: The first representative of the suborder Malacostegina. Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. 2012 Mar 30.

  9. Qi J* and Zhao F*. A new scheme to identify and visualize structural variations from paired-end mapping data. Nucleic Acids Res 2011, 39: W567-W575

  10. Zhu E^, Zhao F^, Xu G, Hou H, Zhou L, Li X, Sun Z and Wu J. mirTools: microRNA profiling and discovery based on high-throughput sequencing. Nucleic Acids Res 2010, 38: W392-W397.

  11. Hou H^, Zhao F^, Zhou L, Zhu E, Teng H, et al. MagicViewer: integrated solution for next-generation sequencing data visualization and genetic variation detection and annotation. Nucleic Acids Res 2010, 38: W732-W736.

  12. Zhao F, Bai J, Wu J, et al., Sequencing and genetic variation of multidrug resistance plasmids in clinical samples.PLoS One 2010, 5(4): e10141.

  13. Qi J^, Zhao F^, Schuster SC. inGAP: an integrated next-gen genome analysis platform. Bioinformatics 2010 26(1):127-129.

  14. Zhao F, Qi J, Schuster SC. Tracking the past: Interspersed repeats in an extinct afrotherian mammal, Mammuthus primigeniusGenome Research 2009 19(8):1384-1392.

  15. Zhao F*, Hou H, Bao Q, Wu J*. PGA4genomics for comparative genome assembly based on genetic algorithm optimization. Genomics 2009, 94: 284-286.

  16. Zhao F, Zhao F, Li T, Bryant DA. A novel pheromone trail-based genetic algorithm for comparative genome assembly. Nucleic Acids Research 2008, 36:3455-3462. 


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